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De las islas que forman el Departamento de las Islas de la Bahía. Utila es la más próxima a tierra firme a sólo 32 Km. al norte de la ciudad de La Ceiba y la más pequeña con 40 Km², de área, su población no sobrepasa los 2,00 habitantes concentrados en cuatro Km², y en dos cayos pequeños que no están considerados dentro de los límites del refugio. Es una isla dividida y cruzada de Norte a Sur por un angosto canal.
La sección oeste que comprende un 60% de la Isla no sobrepasa los 5 metros de altura promedio y está cubierta de manglares, pantanos y una savana inundable que dan refugio a buen número de aves migratorias. La parte Este lo forman varios picos pequeños, el más alto de 74 metros, rodeados de pastizales y guamiles. Casi no quedan representantes florísticos de lo que fue el bosque tropical húmedo.
Utila es una isla con menor diversidad de fauna silvestre, su menor tamaño, su uniformidad ecológica y falta de fuentes de agua dulce puede ser la responsable. Su fauna mejor presentada son las aves y luego los reptiles y anfibios. Entre las especies en peligro de extinción que se encuentran están la chachalaca (Ortalis vertula) y las tortugas marinas como el carey que llegan a desovar a sus reducidas playas. El cocodrilo (Crocodylus acutus) se extinguió locamente hace unos 30 años y la única tortuga terrestre reportada de las tres Islas se conoce por un caparazón encontrado en los pantanos de Utila hace más de 30 años.
