San Antonio de Flores es un municipio del departamento de Choluteca, Honduras.
En 1881, el municipio fue creado.
En 1887, en el Censo de 1887 figura como Municipio del Distrito de Pespire. San Antonio se encuentra de fiesta en honor a su santa patrona la virgen de la inmaculada concepción.
La Inmaculada Concepción de la Santísima Virgen María, conocida también como la Purísima Concepción, es un dogma de la Iglesia católica decretado en 1854 que sostiene que la Virgen María estuvo libre del pecado original desde el primer momento de su concepción por los méritos de su hijo Jesucristo, recogiendo de esta manera el sentir de dos mil años de tradición cristiana al respecto. Se celebra el 8 de diciembre, nueve meses antes de la celebración de la Natividad de la Virgen el 8 de septiembre.
No debe confundirse este dogma con la doctrina del nacimiento virginal de Jesús, que sostiene que Jesús fue concebido sin intervención de varón mientras que María permaneció virgen antes, durante y después del parto.
Al desarrollar la doctrina de la Inmaculada Concepción, la Iglesia católica contempla la posición especial de María por ser madre de Cristo, y sostiene que Dios preservó a María desde el momento de su concepción de toda mancha o efecto del pecado original, que había de transmitirse a todos los hombres por ser descendientes de Adán y Eva, en atención a que iba a ser la madre de Jesús, quien también es Dios. La doctrina reafirma con la expresión «llena de gracia» (Gratia Plena) contenida en el saludo del arcángel Gabriel (Lc. 1,28), y recogida en la oración del Ave María, este aspecto de ser libre de pecado por la gracia de Dios.