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Está cruzado por ramales de la Cordillera de Opalaca, cerca de la cabecera nace el Río San Juan.
San Juan es un municipio del departamento de Intibucá, Honduras.
En 1791, en el recuento de la población de 1791 figuraba como uno de los pueblos del Curato de Intibucá.
En 1878, le dieron categoría de municipio.
En 1887, en el censo de 1887 era un municipio del Círculo de La Esperanza.
Cristo Negro de Esquipulas
El Cristo de Esquipulas es una imagen de Jesús Crucificado venerada por millones de fieles de Centroamérica que se encuentra en la Basílica de Esquipulas en la ciudad del mismo nombre en Guatemala, distante a 222 km de la Ciudad de Guatemala.
Ya desde el siglo XVII se le conoce como el «Milagroso Señor de Esquipulas» o también como el «Milagroso Crucifijo que se venera en el pueblo llamado Esquipulas».
La fiesta patronal de Esquipulas se celebra el 15 de enero. Es también cuando llega la mayor cantidad de peregrinos a la ciudad provenientes de Guatemala, El Salvador, Honduras, México ,
Debido a la gran cantidad de inmigrantes de estos países en Estados Unidos y otros lugares esta fecha es ahora celebrada también en lugares como Los Ángeles, Phoenix-Arizona, Nueva Jersey y Nueva York.
