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Fue fundado el 14 de enero de 1759, como una aldea con el nombre El Rincón del Mico, en el margen izquierdo del Río Chichinguara, después la trasladaron al lugar donde hoy está con el nombre de Santo Domingo, los vecinos, el 14 de enero de 1759, solicitaron a Comayagua, se le diera categoría de municipio a dicha aldea, solicitud que fue aceptada, habiéndole cambiado el nombre por el de San Sebastián, en ese tiempo pertenecía a La Paz, pero en 1877 formó parte de Comayagua. En 1890 se construyó la iglesia.
Cristo Negro de Esquipulas
El Cristo de Esquipulas es una imagen de Jesús Crucificado venerada por millones de fieles de Centroamérica que se encuentra en la Basílica de Esquipulas en la ciudad del mismo nombre en Guatemala, distante a 222 km de la Ciudad de Guatemala.
Ya desde el siglo XVII se le conoce como el «Milagroso Señor de Esquipulas» o también como el «Milagroso Crucifijo que se venera en el pueblo llamado Esquipulas».
La fiesta patronal de Esquipulas se celebra el 15 de enero. Es también cuando llega la mayor cantidad de peregrinos a la ciudad provenientes de Guatemala, El Salvador, Honduras, México ,
Debido a la gran cantidad de inmigrantes de estos países en Estados Unidos y otros lugares esta fecha es ahora celebrada también en lugares como Los Ángeles, Phoenix-Arizona, Nueva Jersey y Nueva York.
